El sistema de salud en Colombia cuenta con un entramado de flujos financieros complejo entre los usuarios, las Entidades Promotoras de Salud (EPS) y las Instituciones Prestadoras de Servicios de Salud (IPS). Una de las dudas más recurrentes en la gestión contable y fiscal de este sector es determinar con exactitud cómo se calcula la base sobre la cual las EPS deben practicar la retención en la fuente a las IPS al momento de pagar por los servicios médicos prestados.
Específicamente, existía una discusión sobre si los dineros que el usuario final aporta directamente bajo figuras como copagos, cuotas moderadoras o vales de planes voluntarios de salud debían ser incluidos o excluidos de dicha base gravable. Para resolver esta incertidumbre, la Dirección de Impuestos y Aduanas Nacionales (DIAN) emitió el Radicado Virtual No. 1002025S017664 (Concepto 100208192 – 2063), fijando una postura clara y de obligatoria aplicación en el procedimiento tributario.
¿Qué conceptos integran la base de retención en la fuente en el sector salud?
De acuerdo con la doctrina oficial y vigente de la autoridad tributaria, sí se deben incluir los valores correspondientes a los copagos, las cuotas moderadoras y los pagos para acceder a los beneficios de planes voluntarios de salud dentro de la base para practicar la retención en la fuente por los ingresos percibidos por los servicios que prestan las IPS a las EPS.
La razón jurídica es contundente: estos recursos no constituyen ingresos aislados o independientes para la IPS, sino que forman parte integral del pago global que se genera por la prestación del servicio de salud contratado. En consecuencia, al momento de realizar el pago o abono en cuenta, la EPS —en su calidad de agente de retención— debe aplicar el porcentaje respectivo sobre el valor total del servicio, sin restar estos componentes.
Fundamento normativo y la postura del Estatuto Tributario
La obligación de practicar la retención en la fuente sobre los servicios de salud se encuentra consagrada en el Artículo 392 del Estatuto Tributario, el cual regula la retención sobre honorarios, comisiones, servicios y arrendamientos.
Dado que la naturaleza de los copagos y cuotas moderadoras es la de ser un aporte en dinero para acceder a un servicio médico esencial, y que los planes voluntarios son contraprestaciones por servicios de salud adicionales, todo el dinero recaudado está directamente indexado a la actividad gravada o sujeta a retención de la IPS.
Naturaleza jurídica de los copagos y cuotas moderadoras
Para entender por qué estos aportes están sujetos a retención, es necesario remitirse al Decreto 780 de 2016 (modificado por el Decreto 1652 de 2022), el cual define estos conceptos:
- Cuotas moderadoras: Tienen por objeto regular la utilización de los servicios de salud y estimular su buen uso. Se cobran tanto a cotizantes como a beneficiarios en el régimen contributivo.
- Copagos: Son los aportes en dinero que corresponden a una parte del valor del servicio demandado y tienen como finalidad ayudar a financiar el sistema. Se aplican exclusivamente a los beneficiarios del régimen contributivo y a los afiliados al régimen subsidiado.
Respecto al recaudo, las normas de salud establecen que la responsabilidad recae en las EPS. Sin embargo, mediante acuerdos de voluntades (contratos entre EPS e IPS), se pacta frecuentemente que las IPS recauden estos valores directamente del usuario en el punto de atención.
Independientemente de quién realice físicamente el recaudo, la DIAN aclara que dicho dinero extingue parte de la obligación financiera de la EPS con la IPS por el servicio prestado, lo que significa que el valor del copago es, jurídicamente, un ingreso de la IPS que complementa la tarifa contratada.
El caso de los Planes Voluntarios de Salud
Los planes voluntarios de salud (que incluyen planes de atención complementaria, medicina prepagada y pólizas de salud) se financian con recursos privados de los particulares. Cuando una EPS contrata con una IPS la atención de un usuario bajo esta modalidad, los pagos que la IPS perciba (incluyendo los vales o bonos moderadores que pague el afiliado) hacen parte del valor del servicio de salud. Por lo tanto, siguen la misma suerte fiscal y se supeditan a la retención en la fuente de forma unificada.
Ejemplo Práctico de Liquidación Fiscal
Para visualizar el impacto de este lineamiento en el procedimiento tributario, analicemos un escenario hipotético:
Caso: Una IPS presta servicios quirúrgicos de alta complejidad a un paciente afiliado a una EPS. El valor total del procedimiento pactado en el contrato es de $10.000.000.
Al momento de la atención, y según el acuerdo de voluntades, la IPS recauda directamente del paciente un copago de $1.500.000. Posteriormente, la IPS le factura a la EPS el saldo restante de $8.500.000.
Aplicación de la Retención en la Fuente:
La EPS no debe calcular la retención en la fuente sobre los $8.500.000 facturados a su nombre. La base correcta sobre la cual se debe practicar la retención (conforme al artículo 392 del Estatuto Tributario) es el valor total del servicio prestado por la IPS: $10.000.000. El copago de $1.500.000 recaudado anticipadamente por la IPS de manos del usuario hace parte de su base gravable.
Tabla Resumen de Conceptos y su Impacto en la Base Gravable:
| Concepto Recaudado | ¿Hace parte de la base de retención? | Fundamento Técnico / Doctrina |
| Valor neto facturado a la EPS | Sí | Constituye el pago directo de la entidad contratante. |
| Cuotas Moderadoras (Recaudadas por IPS) | Sí | Es un ingreso ligado al servicio de salud que disminuye la cuenta de cobro de la EPS. |
| Copagos (Régimen Contributivo/Subsidiado) | Sí | Parte del valor del servicio médico aportado por el usuario beneficiario. |
| Vales / Pagos de Medicina Prepagada | Sí | Contraprestación directa por la atención en planes voluntarios de salud. |
Referencias Oficiales:
- Normativa del Estatuto Tributario: Artículo 392 – Retención en la fuente por servicios
- Jurisprudencia de la Corte Constitucional: Sentencia C-616 de 2001 (Estructura institucional y responsabilidades de las EPS e IPS en el sistema de salud).
Conclusiones sobre la base de retención en la fuente en servicios médicos
La unificación de criterios por parte de la Subdirección de Normativa y Doctrina de la DIAN previene errores sistemáticos en la facturación y el reporte de información exógena dentro del sector salud. Tanto las áreas contables de las EPS como los auditores de las IPS deben revisar minuciosamente que los sistemas ERP y de facturación electrónica reflejen la retención sobre el 100% del valor del servicio prestado, integrando las cuotas moderadoras y copagos percibidos.
Omitir estos valores en el cálculo de la base expone a las EPS a sanciones por inexactitud y por no practicar las retenciones obligatorias consagradas en la ley, afectando directamente la confianza legítima en los procesos de fiscalización tributaria del país.