El Gravamen a los Movimientos Financieros (GMF) ha sido históricamente una fuente de debate en el sector financiero y sanitario. Las Entidades Promotoras de Salud (EPS) realizan transferencias constantes de recursos públicos para garantizar el suministro de medicamentos y insumos a sus afiliados.
Sin embargo, existía la duda doctrinal sobre si los pagos a los gestores farmacéuticos conservaban la exención del impuesto de los recursos de la salud o si perdían dicho beneficio al pasar a manos de un tercero privado. A través del Concepto Unificado No. 100208192-537 (Radicado Virtual No. 1002026S006064 del 16 de abril de 2026), la Dirección de Impuestos y Aduanas Nacionales (DIAN) unificó su postura alineándose con la jurisprudencia del Consejo de Estado.
¿Procede la exención del GMF en las transferencias de las EPS a gestores farmacéuticos?
El hecho generador del GMF está definido en el artículo 871 del Estatuto Tributario como la disposición de recursos depositados en cuentas del sistema financiero. Por su parte, el numeral 10 del artículo 879 del mismo estatuto consagra una exención clave para las operaciones financieras realizadas con recursos del Sistema General de Seguridad Social en Salud (SGSSS).
La DIAN precisó que las transferencias o pagos que efectúan las EPS a los gestores farmacéuticos sí se encuentran cobijados por la exención del GMF. El fundamento jurisprudencial radica en que la exención no obedece a un criterio subjetivo (la calidad o naturaleza jurídica de la persona que recibe el dinero), sino a un criterio material: la naturaleza de la fuente y la destinación específica de los recursos para financiar el Plan de Beneficios en Salud (PBS).
Requisitos sustanciales para la procedencia del beneficio tributario
Para que la exención del Gravamen a los Movimientos Financieros sea aplicable a la operación, la doctrina administrativa señala que se deben cumplir simultáneamente dos condiciones sustanciales:
- Financiación de servicios POS/PBS: Las giros o giros electrónicos deben estar dirigidos al cumplimiento y suministro de los servicios incluidos en el Plan de Beneficios en Salud.
- Ausencia de recursos propios: Los montos girados no pueden provenir de recursos propios de la EPS (como los destinados a la administración de planes complementarios de salud o utilidades comerciales).
El viraje doctrinal: De la postura de la DIAN a la sentencia del Consejo de Estado
Anteriormente, mediante el Oficio No. 100208221-1270 del 12 de agosto de 2021, la autoridad tributaria sostenía que los giros hechos a gestores farmacéuticos debían pagar GMF. Argumentaba que los dineros del sistema de salud «perdían su naturaleza» al ingresar a las cuentas de estos terceros.
No obstante, la Sección Cuarta del Consejo de Estado, mediante sentencia del 15 de junio de 2023 (Radicado 25000-23-37-000-2022-00045-01 / 26729), desvirtuó ese argumento al concluir que la administración tributaria había creado un requisito que no preveía la ley. El alto tribunal aclaró que los gestores farmacéuticos forman parte activa de la cadena de prestación del servicio de salud y, por tanto, la destinación específica del recurso público se mantiene inalterada.
En armonía con el artículo 48 de la Constitución Política y la jurisprudencia de la Corte Constitucional (como la Sentencia C-572 de 2003), la DIAN acogió este fallo en su totalidad, dejando sin efecto las interpretaciones restrictivas previas.
Ejemplo Práctico/Caso Hipotético:
Una EPS transfiere $500.000.000 M/CTE a un gestor farmacéutico encargo de distribuir medicamentos esenciales del PBS en una red hospitalaria. Si la EPS demuestra que estos fondos provienen exclusivamente de la Unidad de Pago por Capitación (UPC) y conserva la trazabilidad bancaria que certifique el destino al PBS, la transacción financiera estará exenta del 4×1000 a la tarifa del 0%.
Por el contrario, si esa misma EPS transfiere $50.000.000 M/CTE al mismo gestor por concepto de adquisición de medicamentos excluidos del PBS para un plan prepagado comercial financiado con primas privadas, la operación estará gravada con el GMF, por provenir de recursos propios fuera de la cobertura del sistema público.
Resumen de condiciones y efectos de la exención
| Criterio de Análisis | Operación Exenta del GMF | Operación Gravada con GMF |
| Origen de la Fuente | Recursos del SGSSS (Ej. UPC / PBS) | Recursos propios o del régimen privado de la EPS |
| Destinación del Pago | Suministro de medicamentos del Plan de Beneficios en Salud | Servicios complementarios o administración corporativa |
| Criterio Aplicable | Criterio material (naturaleza de los fondos) | No cumplimiento de destinación específica |
| Mecanismo si se cobró impuesto | Devolución y/o compensación (Art. 850 E.T.) | N/A |
Devolución de saldos cobrados indebidamente por GMF
Dado que el pronunciamiento de la DIAN adopta formalmente el criterio del Consejo de Estado, se habilita la vía para corregir las retenciones impositivas practicadas bajo la doctrina anterior.
En aquellos eventos donde las entidades o establecimientos bancarios hayan recaudado y consignado el GMF sobre giros exentos dirigidos a gestores farmacéuticos, los interesados podrán acudir a los procedimientos de solicitud de devolución y/o compensación previstos en el artículo 850 del Estatuto Tributario, acreditando debidamente la trazabilidad de los fondos y la certificación de la fuente.
Referencias y Enlaces Internos Sugeridos:
- Fuente Oficial 1: Dirección de Impuestos y Aduanas Nacionales (DIAN) – https://normograma.dian.gov.co/dian/
- Fuente Oficial 2: Consejo de Estado, Sección Cuarta (Sentencia Radicado 26729 de 2023) – https://www.consejodeestado.gov.co/
- Enlace Interno Sugerido 1: Exenciones y exclusiones del IVA en el sector salud en Colombia – https://stackoverflow.com/questions/48430726/how-to-set-a-unique-url-placeholder-to-every-new-url-input-added
- Enlace Interno Sugerido 2: Procedimiento para la solicitud de devolución y compensación de saldos a favor en la DIAN – https://stackoverflow.com/questions/48430726/how-to-set-a-unique-url-placeholder-to-every-new-url-input-added
Conclusiones:
La unificación doctrinal de la DIAN representa un avance en la protección de los recursos de la seguridad social en salud. Al privilegiar el criterio material sobre la forma jurídica o la calidad del sujeto que recibe los recursos, la autoridad garantiza que el presupuesto destinado a la atención en salud no se vea erosionado por gravámenes no previstos para tales fines.
Esta interpretación proporciona seguridad jurídica a las EPS y a los gestores farmacéuticos dentro de la cadena de suministro del sistema. Asimismo, abre un marco operativo para la revisión de periodos no prescritos en los cuales se practicó indebidamente la retención del impuesto.