La Sección Cuarta del Consejo de Estado declaró la nulidad de la doctrina mediante la cual la Dirección de Impuestos y Aduanas Nacionales (DIAN) sustentaba que la transferencia de inmuebles a patrimonios autónomos (fiducias mercantiles) cuyo valor superara las 20.000 UVT constituía una enajenación gravada con el impuesto de timbre nacional. Frente a esta decisión jurisprudencial, la DIAN expidió el Concepto 100208192-989 de 2025, en el cual resuelve la consulta sobre las implicaciones operativas para los contribuyentes que pagaron o sufrieron dicha retención amparados en los conceptos administrativos hoy anulados.
A través de esta doctrina, la autoridad tributaria ratifica que los notarios, en su calidad de agentes de retención, están facultados para realizar la devolución de los valores retenidos en exceso o de manera indebida, aplicando un mecanismo ágil en favor del usuario afectado.
Aplicación del Mecanismo de Reintegro de Retención del Impuesto de Timbre
Ante la pérdida de ejecutoriedad y sustento legal de la doctrina previa de la DIAN por el fallo de simple nulidad, los valores cobrados por los notarios bajo ese concepto se configuran técnicamente como un pago de lo no debido o pago en exceso. La doctrina administrativa concluye que los contribuyentes no tienen que acudir a complejos trámites de devolución ante la DIAN cuando la retención fue practicada por el notario.
El notario, actuando como agente retenedor, se encuentra habilitado para efectuar de manera directa el reintegro de las sumas retenidas. Para sustentar este criterio, la DIAN acudió al artículo 1.2.4.16 del Decreto 1625 de 2016 (Único Reglamentario en Materia Tributaria), el cual reglamenta el procedimiento especial de reintegro de retenciones practicadas en exceso o indebidamente.
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│ Afectado/Contribuyente │
│ Acredita pruebas de la retención indebida │
└───────────────────────────┬────────────────────────────┘
│
▼ (Solicitud escrita)
┌────────────────────────────────────────────────────────┐
│ Notario (Agente Retenedor) │
│ Verifica procedencia y efectúa el reintegro │
└───────────────────────────┬────────────────────────────┘
│
▼ (Descuento imputable)
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│ Próximas Declaraciones de Retención │
│ Descuenta las sumas reintegradas de otros impuestos │
└────────────────────────────────────────────────────────┘
Requisitos y Procedimiento Según el Artículo 1.2.4.16 del Decreto 1625 de 2016
La norma reglamentaria señala las reglas operativas y los requisitos procedimentales indispensables que el contribuyente y el notario deben cumplir para materializar la devolución:
- Solicitud escrita del afectado: El contribuyente a quien se le practicó la retención indebida debe elevar una solicitud formal dirigida a la notaría que actuó como agente de retención.
- Acreditación de pruebas: Se deben adjuntar los soportes documentales que demuestren las circunstancias de hecho y de derecho que configuraron el pago indebido (escritura pública de transferencia al patrimonio autónomo, constancia del pago o retención del timbre y referencia al fallo del Consejo de Estado).
- Término de prescripción: La solicitud de reintegro es procedente siempre y cuando no haya transcurrido el término de prescripción de la acción ejecutiva establecido en el artículo 2536 del Código Civil (5 años), contado a partir de la fecha en que se practicó la retención.
Mecanismo de Compensación para el Notario como Agente Retenedor
Una de las inquietudes operativas más recurrentes radica en la forma en que el agente retenedor recupera el dinero reintegrado al contribuyente. Al respecto, el ordenamiento tributario otorga una solución expedita para el agente de retención.
Las sumas que el notario devuelva al contribuyente por concepto de retención indebida del impuesto de timbre podrán descontarse del monto de las retenciones en la fuente que por otros tributos (por ejemplo, retención en la fuente por impuesto de renta o IVA) tenga pendientes por declarar y consignar en el periodo en el que se reciba y tramite la solicitud de devolución[cite: 20, 23]. En caso de que el saldo por declarar en ese periodo sea insuficiente, la doctrina administrativa autoriza a efectuar el descuento del remanente en los periodos inmediatamente siguientes.
Caso Hipotético de Aplicación:
Un contribuyente transfirió un inmueble a un patrimonio autónomo mediante escritura pública otorgada en una notaría en mayo de 2024. Con base en los conceptos de la DIAN vigentes en ese momento, el notario le practicó una retención por impuesto de timbre equivalente al $1.5\%$ sobre el valor del inmueble.
Tras la Sentencia del Consejo de Estado de marzo de 2025 que declaró la nulidad de dicha doctrina, el contribuyente radica en la notaría una solicitud escrita acreditando el pago no debido. El notario verifica la documentación, realiza la devolución directa del dinero al contribuyente y procede a descontar dicho importe en la declaración mensual de retención en la fuente del periodo en curso.
Inexistencia de Excepciones en la Norma Reglamentaria
El análisis de la Subdirección de Normativa y Doctrina de la DIAN enfatiza que el procedimiento del artículo 1.2.4.16 del Decreto 1625 de 2016 no consagra excepciones respecto del origen de la retención indebida.
Por consiguiente, independientemente de que el cobro improcedente haya surgido por un error de cálculo, una interpretación equivocada del notario o por la aplicación de una doctrina administrativa declarada nula con posterioridad, la vía procesal aplicable para la devolución sigue siendo el procedimiento de reintegro ante el propio agente retenedor.
Resumen de Criterios y Fundamentos:
| Aspecto Analizado | Regla Aplicable / Criterio Tributario | Fundamento Legal / Jurisprudencial |
| Origen del Reclamo | Nulidad de la doctrina que gravaba transferencias de inmuebles a fiducias con timbre. | Sentencia Consejo de Estado Exp. 28927 (13 de marzo de 2025). |
| Vía Procedimental | Solicitud de reintegro directa ante el Notario que practicó la retención. | Artículo 1.2.4.16 del Decreto 1625 de 2016. |
| Plazo Máximo | Dentro del término de prescripción de la acción ejecutiva (5 años). | Artículo 2536 del Código Civil. |
| Mecanismo del Agente | Descuento del valor reintegrado en sus declaraciones periódicas de retención. | Inciso final Artículo 1.2.4.16 del Decreto 1625 de 2016 y Oficio 026735 de 2019. |
Referencias y Enlaces Internos Sugeridos:
- Fuente Oficial 1: [DIAN – Normograma Oficial] – https://normograma.dian.gov.co/dian/
- Fuente Oficial 2: [Estatuto Tributario Nacional] – https://estatuto.co/
- Enlace Interno Sugerido 1: [Análisis sobre las Sanciones Extemporáneas en la Declaración de Retención] – https://stackoverflow.com/questions/48430726/how-to-set-a-unique-url-placeholder-to-every-new-url-input-added[cite: 21, 22]
- Enlace Interno Sugerido 2: [Diferencias entre Exclusión y Exención en el Impuesto sobre las Ventas] – https://stackoverflow.com/questions/48430726/how-to-set-a-unique-url-placeholder-to-every-new-url-input-added
Conclusiones sobre la Devolución del Impuesto de Timbre por Doctrina Anulada
El pronunciamiento de la DIAN consignado en el Concepto 100208192-989 de 2025 garantiza la efectividad del principio de legalidad tributaria y el debido proceso de los contribuyentes. Al reconocer que las retenciones practicadas bajo doctrina anulada por el Consejo de Estado devienen en indebidas, se habilita una solución administrativa ágil que evita judicializar las solicitudes de devolución.
Para los notarios, el marco normativo otorga la tranquilidad procesal de poder devolver estos recursos sin afectar sus patrimonios ni generar descalces en sus obligaciones tributarias, dado que cuentan con la facultad expresa de imputar y descontar dichos importes en sus declaraciones de retención posteriores. Por su parte, los contribuyentes cuentan con un canal efectivo de restablecimiento dentro del término legal de prescripción.